کتاب راهنمای کامل نرم افزارهای آنالیز فیلوژنتیکی و ژنتیک جمعیت

تالیف:

دکتر ناصر صفایی (هیئت علمی دانشگاه تربیت مدرس )

مهندس ولی اله مهدیزاده (دانشجوی دکتری دانشگاه تربیت مدرس)

برای کسب اطلاعات بیشتر و یا سفارش کتاب تماس بگیرید با

انتشارات آموزش و ترویج کشاورزی

تهران خیابان انقلاب،  بین خ ۱۲ فروردین و خ فخر رازی- پاساژ ظروفچی، طبقه سوم، واحد ۱۱

خرید الكترونيكى کتاب اند

ت پس از واریز تعداد کتاب و آدرس دقیق (به همراه کد پستی و شماره تلفن و نام) خود  را به صورت فارسی (و نه فنگلیشی) به شماره 09128431824 پیامک كنيد تا به پست ارسال شود (پیامک سریعتر اقدام خواهد شد).

ارسال كتاب بسته به انتخاب شما، از طريق پست سفارشي (حداکثر ۱۰ روز) يا پيشتاز (حداکثر ۳ روز) انجام مي‌گيرد.

هزینه کتاب بعلاوه هزینه ارسال سفارشی یک کتاب به تمام نقاط ایران: 21 هزار تومان

هزینه کتاب بعلاوه هزینه ارسال پیشتاز یک کتاب به تمام نقاط ایران: 25 هزار تومان

بانك تجارت کد شعبه 1433  شماره حساب: ۳۸۹۲۰۲۲۹۵۹به نام ولی اله مهدیزاده  شماره كارت: ۶۲۷۳۵۳۱۰۷۰۰۸۱۰۶۵

بانك ملی کد شعبه  شماره جساب 0216433801009 به نام ولی اله مهدیزاده شماره کارت: 6037991487582557       کدشبا IR380170000000216433801009

فهرست مطالب

پیشگفتار‌و

مقدمه. 2

بخش اول: نرم افزارهای آنالیز فیلوژنتیکی... 5

فصل اول: آماده سازی و هم ردیف سازی توالی ها5

فرمت FASTA. 6

مجموعهی کلاستال (Clustal Series)13

انجام هم ردیفی با Clustal X. 14

وارد کردن توالی های به کلاستال X. 14

بایو ادیت (BioEdit)21

مگ الاین (MegAlign)32

وارد کردن توالی ها32

انجام هم ردیفی.. 34

جین داک (GeneDoc)37

فصل دوم: مگا (Mega)46

همردیفسازی توالی ها49

ترسیم درخت فیلوژنتیکی.. 60

برآورد فاصله تکاملی.. 66

فصل سوم: پاپ (PAUP)69

جستجوی درخت... 72

تعیین استراتژی جستجوی درخت... 72

ذخیره و چاپ درخت... 73

روش مبتنی بر فاصله (Distance Method)77

روش likelihood. 78

شروع جستجوی درخت... 79

فصل چهارم: فایلیپ (Phylip)80

فایل های ورودی و خروجی فایلیپ... 83

منوی فایلیپ... 86

فایل خروجی فایلیپ... 88

فصل پنجم: مستر بیز (MrBayes)104

نصب مستربیز. 104

راهنمای سریع انجام آنالیز با نرم افزار109

راهنمای تفصیلی کار با مستر بیز. 119

وارد کردن داده ها به مستربیز. 119

تعیین مدل.. 119

تنظیم priors. 122

بررسی مدل.. 124

تنظیم آنالیز. 126

اجرای آنالیز. 128

خاتمه آنالیز. 130

بخش دوم: نرم افزارهای مربوط به آنالیز ژنتیک جمعیت... 136

فصل ششم: جنالکس (GenAlEx)137

نصب جنالکس.... 138

فرمت ورودی جنالکس.... 142

فرمت خروجی جنالکس.... 142

برچسب نمونه ها (Sample Labels)143

پارامتر های داده ها و برچسب ها143

مکان پارامتر ها (Parameter locations)144

فرمت داده ها (Data Formats)146

داده های گم شده152

استفاده از Create برای یادگیری فرمت داده های ورودی به جین الکس.... 152

استفاده از Create با Auto Pop Size. 152

انجام آنالیز با جین الکس.... 153

آنالیز AMOVA. 160

آنالیز PCA. 170

فصل هفتم: انتیسیس (NTSYS)174

وارد کردن داده ها176

آنالیز PCA. 199

آزمون منتل.. 212

فصل هشتم: آرلیکوئین (Arlequin)217

روش های به کار رفته در آرلیکوئین.. 219

نصب آرلیکوئین.. 219

شروع کار با آرلیکوئین.. 219

آماده کردن فایل های ورودی.. 220

فرمت فایل ورودی به آرلیکوئین.. 224

ساختار فایل پروژه225

بخش پروفایل (Profile section)225

بخش داده ها (Data section)227

نمونه آنالیز داده های مارکری با آرلیکوئین.. 249

فصل نهم: پاپ جین (POPGENE)257

آنالیز قابل انجام برای داده های هاپلوئید. 260

آنالیز های قابل انجام برای داده های دیپلوئید. 262

شروع کار با پاپ جین.. 264

فرمت های ورودی نرم افزار264

فصل دهم: پاور مارکر (PowerMarker)281

انواع داده های قابل آنالیز. 284

نصب و اجرای پاورمارکر. 284

وارد کردن داده ها286

مثالی از وارد کردن داده های مارکری SSR. 290

شروع کار با پاور مارکر. 293

فصل یازدهم: ام وی اس پی (MVSP)317

وارد کردن داده ها318

فصل دوازدهم: وین بوت (Winboot)333

فهرست منابع..